Un consortium public-privé pour exploiter les chimiothèques des laboratoires pharmaceutiques grâce à l’IA

Dix laboratoires pharmaceutiques, deux équipes universitaires et des acteurs privés spécialistes des nouvelles technologies comme le français Owkin se sont réunis au sein du consortium européen Melloddy (machine learning ledger orchestration for drug discovery) dont le lancement est officialisé ce lundi 3 juin 2019. Objectif de ce projet mené dans le cadre de l’Innovative medicines initiative (IMI) : “utiliser les méthodes d’apprentissage automatique dans les chimiothèques de dix sociétés pharmaceutiques. À terme, les membres vont développer une plateforme créant des modèles plus précis pour prédire quels composés pourraient être prometteurs dans les dernières étapes de la découverte et du développement de médicaments”, indiquent les partenaires. Mathieu Galtier, leader du projet Substra d’Owkin précise à mind Health : “les entreprises pharmaceutiques ont constitué des bases de petites molécules qu’elles ont testées contre beaucoup de cibles. Nous voulons construire des modèles prédictifs pour réduire les essais et accélérer le pipeline de découverte des médicament”.

Un budget de 18,4 M€ sur trois ans

Mené sur une période de trois ans, ce projet s’achèvera en juin 2022. Il représentera un budget de 18,4 millions d’euros. “Dix millions seront apportés par les entreprises pharmaceutiques sous forme de ressources mobilisées comme le personnel impliqué sur le projet. Les 8 M€ restant seront financés par l’IMI et seront destinés aux start-up et laboratoires de recherche”, souligne Mathieu Galtier. Lancé en 2005, l’IMI repose sur un partenariat entre l’Union européenne et l’Efpia (European Federation of Pharmaceutical Industries and Associations).

Au total 17 partenaires sont impliqués dans ce projet, porté par Janssen Pharmacutica NV avec Owkin en tant que coordinateur. Les neuf autres laboratoires sont Amgen, Astellas, AstraZeneca, Bayer, Boehringer Ingelheim, GSK, Merck KGaA, Novartis et l’Institut de recherche Servier. Les deux universités sont la belge KU Leuven et la hongroise Budapesti Muszaki es Gazdasagtudomanyi Egyetem. “La première apporte son expertise sur la drug discovery et le machine learning pour cette étape tandis que la deuxième travaille sur les mathématiques appliquées à ce domaine et sur la confidentialité des algorithmes de machine learning”, détaille Mathieu Galtier. Du côté des autres acteurs privés, le groupe Nvidia intervient pour sa capacité en IA computing. Le projet intègre également les sociétés allemande Loodse et française Iktos ainsi que la fondation Substra portée par Owkin et formée fin 2018 autour de dix partenaires issus du monde hospitalier comme l’Institut Curie, le Centre Léon Bérard et l’AP-HP, des start-up comme Apricity et des académiques.

Une technologie utilisant l’IA et la blockchain

Pour ce consortium Melloddy, les développements technologiques devraient s’appuyer sur le principe de Substra. “Nous allons utiliser le même logiciel que nous développons dans le projet Substra. Les données ne sortiront jamais de la chimiothèque du laboratoire”, détaille Mathieu Galtier. Ainsi, l’intelligence artificielle apprendra de chaque chimiothèque in situ puis construira un modèle à partir de tous les apprentissages effectués à partir des données de chaque laboratoire. Une blockchain de consortium, basée sur la technologie de registre distribué (distributed ledger technology), assurera l’historique des actions. “La première année sera consacrée à la mise en place de la technologie et à s’assurer des questions de sécurité. La deuxième année permettra d’améliorer la performance et, au cours de la dernière année, nous augmenterons la puissance de calcul avec l’objectif d’entrer dans une phase de commercialisation à la fin du projet”, ambitionne Mathieu Galtier. Il indique que le projet implique plus d’une cinquantaine de personnes en Europe. Chez Owkin, l’équipe dédiée à ces projets compte aujourd’hui 13 personnes et devrait atteindre 20 à 25 personnes d’ici un an. La plateforme Melloddy utilise la technologie d’Amazon Web Services, selon les partenaires.