Le plan France médecine génomique 2025 passe à l’échelle industrielle

Le plan France médecine génomique 2025, doté en juillet 2017 d’une enveloppe de 400 M€ par le gouvernement de l’époque, a pour objectif, à terme, de séquencer annuellement le génome de 20 000 patients atteints de cancer ou de maladies rares. Coordonné par Aviesan, il est porté par de multiples acteurs qui, à presque mi-parcours, peuvent se targuer d’avoir résisté au changement de gouvernement et à la crise sanitaire. Tous s’accordent à dire qu’en un an des avancées encourageantes ont eu lieu, malgré la complexité de la construction et de la mise en œuvre opérationnelle des circuits du parcours de soin génomique, et reconnaissent ne pas manquer de financement. Deux des 12 plateformes de séquençage à haut débit annoncées au départ, SeqOIA etAuragen, sont désormais opérationnelles et tendent vers une activité de cadence industrielle.

Un plan complexe dans un contexte particulier

Vu de l’extérieur, difficile d’imaginer la complexité d’un tel plan ou la concurrence régnant dans le monde académique et hospitalier. Sur le terrain, les Instituts Curie, Gustave Roussy et l’Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP) se mobilisent collectivement au sein du groupement de coopération sanitaire (GCS) SeqOIA. “Tout a été créé de novo”, se félicite Michel Vidaud, directeur médical de la plateforme de séquençage francilienne.

“Le tour de force a été de mettre en place la technologie de séquençage haut débit de génome complet dans le cadre d’un laboratoire de biologie médicale répondant à toutes les exigences du Comité français d’accréditation (COFRAC), en partant de zéro », abonde Franck Lethimonnier, pilote du plan. Avant d’ajouter : “le recours à l’examen du génome complet doit être pleinement justifié. Médicalement, c’est assez nouveau pour les professionnels de santé ; il a fallu organiser les circuits et les réunions de concertation pluridisciplinaires (RCP). Nous y sommes parvenus en trois ans. À l’avenir, monter de nouvelles plateformes prendrait deux ans”. En évoquant un futur maillage régional, Michel Vidaud prévient qu’ “il ne faudrait pas en sous-estimer le labeur”. Frédérique Nowak, responsable adjointe de la coordination du plan, embauchée en renfort en 2019, concède qu’il s’agit d’“insérer une considérable machinerie dans les domaines du soin et de la recherche” et reconnaît que “l’ampleur de la tâche n’avait pas été anticipée. Il a été compliqué de tout mener de front, mais aujourd’hui les plateformes [Auragen pour le territoire Sud et Est, SeqOIA pour le Nord et l’Ouest, ndlr] sont opérationnelles et les circuits structurés”.  

Le confinement n’a entraîné qu’un léger retard à la fin de cette phase d’apprentissage. De même que la logique conceptuelle du plan. “On nous demande d’être dans une optique de soins plutôt que de recherche à défaut de disposer d’assez de données. C’est paradoxal : généralement on débute par de la recherche, sur une hypothèse, qui, lorsqu’elle démontre un intérêt, est implémentée dans le soin. C’est très innovant et inhabituel d’appliquer des démarches sans qu’elles aient été évaluées”, remarque Pierre Saintigny, co-responsable pour la partie cancer de la plateforme Auragen.