Owkin et Servier organisent un hackathon pour faire avancer la recherche sur le glioblastome

Faire avancer la recherche sur le glioblastome en 48 heures grâce à l’intelligence artificielle (IA), c’est le défi auquel ont répondu 130 experts lors du hackathon organisé par Owkin et Servier. Cet événement, qui s’est déroulé les 3 et 4 février derniers au Palais Brongniart, est l’un des 35 défis “Convergence IA” sélectionnés par Bruno Bonnell, secrétaire général pour l’investissement, en charge de France 2030 et Anne Bouverot, envoyée spéciale du président de la République pour le Sommet pour l’action sur l’IA. Amazon Web Services, 10X Genomics, le Parker Institute for Cancer Immunotherapy et Bioptimus font également partie des soutiens du hackathon. Les participants, issus de dix pays, étaient de profils variés : data scientists, ingénieurs en IA, neuro-oncologues, experts en médecine computationnelle et en recherche clinique. Ils appartiennent à des institutions ou des centres de recherche comme le Paris Brain Institute (ICM), l’Institut Gustave Roussy, l’Institut Curie, le Francis Crick Institute (Royaume-Uni), le Max Planck Institute (Allemagne), le Netherlands Cancer Institute et l’INRIA. Pour les sélectionner, Owkin avait lancé, en décembre dernier, un appel à projets international sur les réseaux sociaux, qui a reçu 300 candidatures provenant de 25 pays européens et d’Amérique du Nord. Trois équipes ont été récompensées à l’issue du hackathon : Glioblasters (catégorie Impact clinique), Team J (catégorie Méthodologie IA) et SpaceAix (Prix du jury). 

Mettre l’IA à profit

Selon les chiffres diffusés par le Centre Léon Bérard, le glioblastome concerne près de 3 500 patients par an en France. Cette forme de cancer cérébrale évolue très rapidement, la durée médiane de survie étant de 16 mois. Pourtant depuis 20 ans, la recherche concernant cette pathologie a peu progressé. La thématique de ce hackathon entre en résonance avec l’orientation de Servier comme le confirme, lors d’une conférence de presse, Claude Bertrand, vice-président exécutif Recherche & Développement: “Un pilier de notre stratégie est de nous focaliser sur des cancers ayant peu ou pas de traitement et où l’espérance de vie est extrêmement faible. Des cancers plutôt rares auxquels les grands de la pharma s’intéressent moins.” Ce hackathon est également l’occasion de tester l’IA afin de répondre aux défis de l’industrie. “Le taux d’attrition reste élevé, environ 90% des candidats ne deviendront pas un médicament, il a même tendance à augmenter en fonction des aires thérapeutiques. La durée des cycles de développement, qui s’échelonnent sur dix à quinze ans, constitue un également un problème aigu. De plus, un des défis du glioblastome réside dans son hétérogénéité, cela nous demande de tendre vers la médecine personnalisée. Pour toutes ces raisons, nous pensons que cette technologie peut nous être utile”, souligne Claude Bertrand. 

Un accès à des données inédites

Dans le cadre de ce hackathon, Owkin a donné accès pour la première fois à un sous-ensemble des données générées par le projet MOSAIC, qui vise à construire le plus grand atlas spatial multi-omiques au monde pour la recherche sur le cancer. Il s’agit de données multimodales provenant de 115 patients atteints de glioblastome, notamment  des données de transcriptomique spatiale. Les participants ont également eu accès à des données protéomiques spatiales fournies par le Parker Institute for Cancer Immunotherapy provenant de la cohorte BRUCE (30 patients). “Les données de transcriptomique et protéomique spatiale permettent d’étudier des gènes et des protéines actifs dans une tumeur donnée et dans un tissu donné, tout en gardant leur organisation spatiale. Nous faisons le pari à Owkin que ce sont des technologies sur lesquelles l’IA va pouvoir raisonner, faire des découvertes et comprendre la biologie”, souligne Eric Durand, chief data officer d’Owkin. 

Grâce à l’infrastructure d’AWS, les participants ont pu avoir accès aux dernières technologies d’IA comme les modèles de fondation de Bioptimus ou encore DeepSeek, le modèle d’IA chinois open source dévoilé en janvier dernier et dont les performances avoisinent celles des modèles d’OpenAI. Les trois équipes lauréates conservent le droit d’accéder aux données et à l’infrastructure de calcul durant trois mois. Ils pourront également utiliser Abstra, la plateforme d’Owkin. Outre une meilleure compréhension de la biologie du glioblastome, des publications scientifiques sont espérées par Servier et Owkin à la fin de ce délai. 

Servier et Owkin : vers un nouveau partenariat stratégique ?

À l’issue de ces trois mois, l’exploitation des résultats obtenus devrait également donner lieu à nouveau partenariat entre Owkin et Servier. “Cela fait un moment que nous discutons d’un partenariat stratégique, ce hackathon est une première étape”, indique Claude Bernard. Les deux entreprises ont noué leur premier partenariat en 2017. Deux projets sont aujourd’hui en cours de développement, le premier axé sur l’identification des tumeurs et des patients répondeurs et le second sur l’exploration du potentiel de la pathologie numérique afin de mieux sélectionner les patients grâce à une analyse élargie des biomarqueurs tissulaires.