Un consortium public-privé, mené par Owkin, développe une plateforme de mutualisation de données hospitalières

Owkin a officialisé jeudi 4 octobre la naissance de Substra, un consortium financé à hauteur de 10 millions d’euros par Bpifrance. La société franco-américaine, spécialisée dans l’analyse prédictive en oncologie à partir de données et d’imagerie médicale, a réuni autour d’elle huit partenaires publics (l’École Polytechnique, l’Institut Curie, le Centre Léon Bérard, l’université Paris Descartes, le CHU de Nantes, et trois hôpitaux de l’AP-HP : Saint-Louis, Antoine-Béclère et Jean Verdier), ainsi que la start-up Apricity. La Substra Foundation, association à but non lucratif, est fondée à cette occasion pour piloter le projet. L’objectif est de favoriser le partage de données par les établissements de santé à des fins de recherche médicale, afin par exemple de mieux cibler les thérapies.

Le projet doit également permettre de créer un cadre méthodologique à l’utilisation d’algorithmes d’intelligence artificielle dans la santé. Il s’appuie sur le développement, prévu pour 2019, d’une plateforme associée à un système sécurisé. Ce dernier se base sur deux technologies : l’apprentissage fédéré et la blockchain privée (lire encadré). “Ce projet vise à mutualiser  de nombreuses sources de données tout en préservant la confidentialité. Il pourrait devenir un modèle à l’international”, ambitionne Gilles Wainrib, cofondateur d’Owkin.

Premier POC attendu pour 2020

Dans le détail, Owkin et Substra Foundation développeront la plateforme Substra de traitement sécurisé des données médicales, pilotée par un logiciel garantissant notamment la traçabilité des données et ayant vocation à devenir open-source. Les hôpitaux rassembleront sur la plateforme distribuée des données d’anatomopathologie (Institut Curie et Centre Léon Bérard), de dermatologie (CHU de Nantes et AP-HP) et de fertilité (AP-HP). Les deux start-up Owkin et Apricity, spécialisée pour sa part dans la fertilité, fourniront des algorithmes prédictifs à partir de ces données. Ces derniers seront évalués dans un cadre scientifique et méthodologique, développé par les deux laboratoires de recherche à l’École Polytechnique et l’université Paris Descartes. Leurs recherches doivent permettre de développer les méthodes de validation médicale des algorithmes d’IA en santé. Le premier Proof of concept, qui pourra démontrer l’utilité de cette infrastructure pour un cas médical précis, est visé pour début 2020.

“Les établissements de santé, comme les chercheurs, ne sont pas toujours prêts à partager leurs données avec des tiers et il reste à prouver que la mutualisation de données a du sens” , explique Mathieu Galtier, coordinateur du projet chez Owkin et président de la Susbtra Foundation. Owkin développe des algorithmes d’intelligence artificielle et des outils de deep-learning autour de données de formes différentes (imageries, prescriptions, comptes-rendus médicaux…), afin de réaliser des découvertes médicales, telles que des nouvelles cibles thérapeutiques et des biomarqueurs. Elle a pour cela installé des serveurs chez ses partenaires garantissant que les données traitées n’en sortent pas. Substra s’appuiera sur ces serveurs pour entraîner son algorithme sur chaque source de données, sans les mélanger. Une vingtaine d’équivalents temps plein, issus d’Owkin et ses partenaires, sont consacrés à ce projet (deux médecins, une dizaine d’ingénieurs, une vingtaine de développeurs et un data-scientist par partenaire sont mobilisés). La plateforme pourrait accueillir d’autres partenaires. “Nous restons dans une logique franco-française pour la collecte des données. En revanche, la vente des résultats issus de ces recherches se fera en partie aux États-Unis”, indique Mathieu Galtier.