Accueil > Parcours de soins > codoc, l’EDS intelligent qui facilite la vie des cliniciens-chercheurs codoc, l’EDS intelligent qui facilite la vie des cliniciens-chercheurs La start-up codoc fait partie des pionnières sur le marché des entrepôts de données de santé. Spécialisée à ses débuts dans le travail de récupération, stockage, organisation et harmonisation des données sources, elle fait valoir de plus en plus ses “applicatifs intelligents”, qui transforment la façon de travailler des cliniciens-chercheurs, à l’image de ceux de l’Institut Gustave Roussy, l’un de ses premiers établissements partenaires. Par Romain Bonfillon. Publié le 15 septembre 2025 à 22h35 - Mis à jour le 16 septembre 2025 à 16h57 Ressources La genèse codoc a été créée en 2017 par Arthur Delapalme et Nicolas Garcelon dans le cadre de l’Institut Imagine. “À l’origine, il s’agissait de valoriser une technologie développée à l’hôpital Necker, pour rendre la donnée qui est produite au cours du soin accessible et utile pour la recherche et le soin”, raconte Arthur Delapalme, CEO de codoc, qui s’est lancé dans l’aventure en 2016 et se souvient de “l’enthousiasme des staff médicaux” lorsqu’il leur présentait son logiciel. Sur le simple périmètre de Necker, l’outil a permis à l’époque de structurer et d’intégrer les données issues de 500 000 dossiers patients et 4000 000 de comptes rendus médicaux. “Nous avons créé codoc pour industrialiser cette technologie, la diffuser et la développer”, résume-t-il. La solution codoc et son évolution Fort de ses 20 ans d’expérience dans la création d’EDS, acquise au CHU de Rennes dans l’équipe pionnière de Marc Cuggia, puis à l’institut Imagine, Nicolas Garcelon créé avec Arthur Delapalme un outil d’abord réservé à l’univers de la recherche. Nous sommes en 2017. En 2021, les deux cofondateurs repartent d’une feuille blanche et, en associant des applicatifs intelligents aux technologies à l’état de l’art, bâtissent un moteur de recherche permettant l’accès aux données par ceux qui les produisent, à savoir les soignants et les chercheurs. De l’entrepôt de données au recrutement de patients pour la recherche à l’Institut Imagine La solution que codoc propose aux établissements de santé s’adapte à leur maturité en matière d’utilisation des données. “Il y a la situation où l’hôpital part de zéro, avec des sources de données éparses. Dans ce cas-là, nous allons faire un travail d’intégration de données et de mise en qualité, c’est-à-dire se connecter aux sources, faire de l’extraction, de la transformation, pour charger cette donnée dans une base unique, qui constitue l’EDS hospitalier et correspond à la partie codoc Warehouse”, explique Arthur Delapalme. Arthur Delapalme, cofondateur et CEO de codoc Au-delà et en aval de ce travail de récupération des données sources, de leur stockage, organisation et harmonisation, codoc va enrichir les données récupérées, en recourant notamment au traitement automatique du langage naturel (NLP) pour leur donner du sens. Parmi ces données figurent les données administratives des patients, leur parcours au sein de l’hôpital, les comptes rendus médicaux, les données de biologie et d’anapath. “Depuis la création de codoc, nous avons balisé à peu près toutes les sources de données les plus importantes. Sur les 20 établissements que nous équipons aujourd’hui, cela représente plus de 120 connecteurs de données sur des sources différentes”, explique le CEO de codoc. “Au-dessus de l’entrepôt”, codoc propose des applicatifs, baptisés Research Hub, qui se connectent à l’EDS et qui permettent aux soignants et chercheurs d’exploiter la donnée en posant des questions. S’ajoutent à ces solutions le module Transparency, un portail patient qui permet à ce dernier de s’opposer au projet de recherche. “Nous sommes ainsi en phase avec le chemin règlementaire, chaque projet dans Research Hub étant rebasculé dans Transparency”, précise Arthur Delapalme. Les cas d’usage Un “outil de fouille” pour formuler des hypothèses et construire des cohortes Le public cible de la solution codoc est typiquement le clinicien chercheur, qui fait le pont entre la recherche et le soin. Ce dernier va pouvoir extraire des données qu’il juge pertinentes afin de formuler des hypothèses. Dans cette perspective, codoc se présente comme ce que Arthur Delapalme appelle un “outil de fouille”. Le chercheur va chercher par exemple à savoir s’il existe un autre patient présentant des caractéristiques identiques à celles d’un patient qu’il suit pour pouvoir établir un éventuel lien de corrélation entre le prise d’un certain traitement et la récupération post-chimiothérapie. Plus largement, dans la même logique d’exploration, l’outil codoc va permettre de mener des études de faisabilité (consistant à cibler les patients dans le cadre d’un recrutement pour des essais cliniques ou études) et de construire des cohortes. “En moyenne, l’outil est près de deux fois plus rapide que la manière manuelle, il commet surtout quatre fois moins d’erreurs”, fait valoir Arthur Delapalme. Un outil d’extraction Dans une deuxième approche, codoc apparaît comme un outil d’extraction, qui de manière très opérationnelle, va permettre au clinicien d’interroger la mémoire collective de l’hôpital pour pouvoir prendre ses décisions sur la base des meilleures données disponibles. Il s’agit ici de crédibiliser des hypothèses, de les vérifier. Focus sur le partenariat entre codoc et l’Institut Gustave Roussy (IGR) En 2018, l’Institut Gustave Roussy (IGR) veut, sous l’impulsion de Mikael Azoulay, directeur de la transformation numérique et des SI de l’IGR, mettre les données à disposition des soignants. Un benchmark de solutions est opéré, le critère de sélection prioritaire étant le service rendu aux médecins. Fin 2018, codoc, qui vient tout juste de se lancer, est choisie par l’IGR, qui devient son troisième client. “L’IGR a pu tester et mettre en pratique toutes les versions existantes de codoc, la première qui venait de Necker, puis celle plus industrialisée. Ce sont aujourd’hui les usagers les plus intenses de nos outils d’extraction qui sont utilisés par plus d’une vingtaine de services et sur une dizaine d’aires thérapeutiques différentes”, observe Arthur Delapalme. Roxane Schmitt, Customer Success manager chez codoc, est en charge de la collaboration avec l’ensemble des 21 établissements équipés de la solution et précise : “Nous avons environ 80 utilisateurs acteurs actifs aujourd’hui à l’IGR, de différentes spécialités, qui l’utilisent souvent pour faire de la recherche, mais de plus en plus aussi pour aller consulter le dossier patient, même pendant la consultation”. Si l’outil codoc n’a pas été spécifiquement développé pour l’oncologie ou un type d’établissement particulier (la solution est aussi présente au GHU Paris psychiatrie et neurosciences ainsi que dans plusieurs hôpitaux privés non lucratifs), l’utilisation qui en est faite est spécifique à chaque établissement de santé. “Gustave Roussy a tendance à faire moins de requêtes sur le DPI que d’autres établissements, mais ils font beaucoup d’extractions et construisent de nombreuses cohortes. Il s’y crée une dizaine de projets de recherche tous les mois et pour chacun, une à quatre cohortes sont créées”, fait remarquer le CEO de codoc. Une amélioration continue Depuis les débuts, en 2018, de sa collaboration avec l’IGR, la solution codoc a connu de nombreuses évolutions, grâce à un échange continu avec ses utilisateurs. “Il y a eu une montée en charge progressive avec une vraie accélération du partenariat à partir de 2023, lorsque l’outil d’extraction des données était complètement abouti. Cet outil a véritablement changé la donne pour les équipes de recherche, qui ne se sont plus vues travailler sans”, note Arthur Delapalme. À l’image du Dr Maxime Frélaut, oncologue médical à Gustave Roussy, qui est adepte de la solution codoc depuis sa première version (Dr Warehouse), et qui l’utilise “pour mener des explorations rapides. Il s’agit de savoir si tel sujet de recherche clinique rétrospectif est intéressant et réalisable. C’est un peu le Google de nos dossiers patients, l’outil nous permet d’avoir une estimation rapide du nombre de patients concernés par une problématique précise”. Également chef du service d’onco-gériatrie de l’IGR, Maxime Frélaut utilise l’outil dans le cadre de ses fonctions managériales. Cela peut me servir à sortir des chiffres reflétant l’activité de mon service”, précise-t-il. Plus récemment, courant 2024, sont apparus à l’IGR les modules d’extraction de données qui ont transformé la pratique des cliniciens-chercheurs. La Dr Camilla Satragno, radiothérapeute à l’IGR dans le département pédiatrique, a pu en faire l’expérience, “notamment au travers d’une base de données rétrospective multicentrique que l’on partage avec l’Institut Curie. Dans cette base, nous recherchons des données très différentes, qu’elles soient générales (âge, diagnostic, ville, etc.) ou très spécifiques (bilans d’anapath, de biologie moléculaire, etc.). Avant codoc, j’étais obligée d’éplucher tous les comptes rendus pour entrer les données dans cette base. Le temps consacré à ce travail a été au minimum divisé par trois grâce à l’outil codoc, puisque toutes les données remontent automatiquement à partir des réponses à un questionnaire que l’on avait préparé”. Le Dr Maxime Frélaut estime quant à lui que cet outil “double la vitesse de collecte de données, c’est un moyen d’accélérer considérablement la recherche clinique rétrospective”. Pour rappel, cette dernière étant rarement financée, ce sont, sans le recours à des attachés de recherche clinique (ARC), la plupart du temps les médecins qui la mènent. In fine, l’utilisation de l’outil codoc a permis, selon Maxime Frélaut “de lancer plus de projets de recherche, parce que l’on repère plus facilement les cohortes d’intérêt”. Demain, le partage de données inter-établissements Dr Maxime Frélaut, oncologue médical à Gustave Roussy Maxime Frélaut aimerait que demain, “l’outil codoc puisse communiquer avec d’autres bases de données, dans le cadre d’ études multicentriques. Pour le CEO de codoc, “ce partage de jeux de données constitue une partie importante du retour sur investissement de l’hôpital. Nous avons d’ailleurs intégré dans la suite codoc la capacité à produire des espaces de travail automatiquement”, ajoute-t-il, rappelant également que “le modèle de données de codoc ressemble beaucoup à OMOP (le standard international pour le stockage et l’organisation des données utilisées pour la recherche, ndlr), une conversion peut d’ailleurs être faite très facilement en base de données de l’un vers l’autre”. Arthur Delapalme pense pouvoir aller “beaucoup plus loin que les 80 utilisateurs actuels de la solution à l’IGR. La marge de progression est en effet encore grande : l’IGP compte parmi ses 4 000 salariés, 660 médecins, 1 230 soignants et 1 400 personnes impliquées dans les activités de recherche (source : IGR). Romain Bonfillon Données de santéEntrepôt de données de santéGustave RoussyHôpitalPartenariatRecherche Besoin d’informations complémentaires ? Contactez le service d’études à la demande de mind