Comment le CHU de Nantes a piloté la centralisation des données régionales pour suivre l’incidence de la COVID-19

En avril 2020, alors que la France est confinée pour endiguer la première vague de la COVID-19, les services de soins tentent d’anticiper la prise en charge des patients et le déconfinement annoncé pour mi-mai. C’est le cas notamment au Centre hospitalier universitaire (CHU) de Nantes. “Le président de la commission médicale d’établissement, Antoine Magnan, et le directeur du CHU, Philippe El Saïr, nous ont demandé comment bien suivre le déconfinement dans la région. Les premières discussions ont débuté le 28 avril. Le 13 mai nous étions prêts”, se remémore Pierre-Antoine Gourraud, professeur des universités et praticien hospitalier qui dirige la clinique de données du CHU de Nantes.

Anticiper l’afflux de malades

L’objectif est de pouvoir anticiper l’afflux de malades de la COVID-19 et ses conséquences pour l’établissement hospitalier comme la déprogrammation des opérations. “Notre rôle n’est pas de piloter l’activité du CHU. La clé est d’avoir des données pour décider. Mon équipe est experte de la recherche, nous connaissons la plateforme nationale (Geodes, ndlr) mais elle ne donne pas des informations très locales”, détaille le responsable de l’entrepôt de données de santé mis en place en 2018.

L’équipe de la clinique de données propose alors de “rassembler les données originaires de plusieurs entités légalement indépendantes pour faire de la multidata”, indique Pierre-Antoine Gourraud. Avant d’ajouter : “nous nous étions aperçus que les patients appellent SOS Médecins avec des symptômes cinq à sept jours avant qu’ils n’arrivent aux urgences ou qu’ils ne fassent appel au SAMU”. Il contacte alors différents acteurs régionaux du parcours de soins. “En pleine crise sanitaire, alors qu’ils sont au front, j’appelle mes collègues de SOS Médecins pour leur proposer de partager leurs données. Ils donnent leur accord”, explique le responsable. Il réitère la démarche auprès du SAMU et des laboratoires privés de biologie qui rejoignent ainsi le projet. Au sein du CHU, l’équipe de la clinique de données identifie les services qui peuvent également remonter des données : de biologie, de radiologie, de gériatrie, les urgences….“Avant de se poser les questions techniques ou de modélisation mathématique, nous devions résoudre la question de la gouvernance”, témoigne Pierre-Antoine Gourraud qui se félicite de la mobilisation de tous les acteurs pendant cette période. Le projet Argos voit ainsi le jour.

Le choix des logiciels libres

Les partenaires ont ensuite travaillé sur la partie technique de cette plateforme devant rassembler des données de sources et de formats différents et être accessible à tous les acteurs concernés. Le choix a été fait de développer une plateforme web qui soit accessible aux partenaires et aux instances de décision du CHU. “Sur la base de cette plateforme, on va pouvoir prendre des décisions et interagir avec les responsables politiques et sanitaires comme l’agence régionale de santé (ARS)”, indique Pierre-Antoine Gourraud. L’équipe du CHU de Nantes a choisi  des logiciels libres pour construire cette plateforme avec “deux couches : une base de données orientée objets et une couche de visualisation”. La première, une base Elastic Search, rassemble les données des partenaires mais aussi celles des bases nationales comme SI-DEP et Geodes (Santé Publique France), tandis que la seconde s’appuie sur l’outil Kibana. La base de données est hébergée au CHU de Nantes qui dispose de la certification hébergeur de données de santé.

La technologie d’avatar pour l’anonymisation des données

“Les données sont poussées automatiquement des différentes bases vers la base Argos. Cela représente environ 780 000 données (collectées entre le 9 mars 2020 et le 5 février 2021) sur la COVID-19 qui viennent alimenter un écran de visualisation. L’utilisateur peut ensuite avoir une vision par département ou par partenaire. Aujourd’hui, les données sont pseudonymisées, donc potentiellement réidentifiantes par croisement. C’est un risque pour la confidentialité que nous ne pouvons pas faire prendre”, indique Pierre-Antoine Gourraud.

La décision a alors été prise de travailler avec la start-up nantaise Octopize Mimethik Data (enregistrée au nom de Big Data Santé). Spin-off de MethodOmics (société fondée en 2008 par Pierre-Antoine Gourraud) créée en 2018 sous le nom de WeData, la société a changé de nom fin 2020 pour Octopize Mimethik Data. Elle travaille pour le secteur de la santé et développe une technologie d’anonymisation des données : Avatar. “Nous testons leur technique d’anonymisation profonde dans le cadre d’un partenariat depuis un an. Et nous appliquons leur technologie au projet Argos”, précise le responsable du CHU de Nantes. 

“Nous sommes intervenus conjointement avec le CHU de Nantes pour développer un outil qui regroupe non pas une réponse mais des réponses dans le cadre de l’épidémie et qui donne un tableau de bord le plus factuel possible”, explique Olivier Breillacq, CEO d’Octopize Mimethik Data qui emploie cinq personnes. Il rappelle les enjeux autour de l’anonymisation des données : “La complexité de l’anonymisation réside dans le fait de conserver la finesse de l’information, la granularité individuelle. Tout l’enjeu est de protéger les individus, de prouver cette protection tout en conservant la granularité individuelle de la donnée de façon à pouvoir l’exploiter avec la même richesse”.

La technologie d’avatar d’Octopize Mimethik Data a reçu une attestation de conformité de la Commission nationale de l’informatique et des libertés (Cnil) à l’été 2020. “La Cnil n’a pas identifié d’obstacle à la démonstration de conformité de la solutions d’anonymisation Avatar”, souligne Olivier Breillacq. S’il ne détaille pas le fonctionnement de la technologie, le dirigeant indique : “Nous générons une modélisation autour d’un individu pour créer un nouvel individu de synthèse : un avatar. Et nous générons des metrics qui permettent de mesurer les niveaux de sécurité. Le CHU de Nantes possède une licence de notre logiciel d’avatar et exploite la technologie pour tous les usages qui sortent du traitement de la données à des fins nominatives. Par exemple, pour mettre de la donnée collectée à disposition de chercheurs dans le cadre d’un projet de recherche. Pour le projet Argos, nous avons créé un outil qui permet de suivre l’activité et d’anticiper les évolutions. Il y a eu beaucoup de travail à réaliser en amont sur les données qui proviennent de plusieurs sources publiques et privées”.

L’ambition de créer une “météo santé du territoire”

Les travaux portent maintenant sur la façon de renforcer la modélisation et la protection des patients, détaille Pierre-Antoine Gourraud. S’il ne communique pas le budget, il précise que “(ses) équipes se sont données sans compter leurs efforts  dans leur mobilisation dans la crise” et cite un financement de la mairie de Nantes pour l’ensemble des projets COVID-19 du CHU à hauteur de 250 000 euros. Et à plus long terme, Pierre-Antoine Gourraud cite les réflexions des partenaires sur l’intérêt d’une telle plateforme en dehors d’une crise sanitaire et notamment des travaux, sous l’égide de l’adjoint au maire au numérique Frankie Trichet, pour que “ce projet se transforme en véritable météo santé du territoire pour l’après crise”.