Gestion des données multi-omiques : comment ADLIN Science accompagne l’Institut Imagine ?

En 2020, l’Institut Imagine, l’institut hospitalo-universitaire dédié aux maladies génétiques, a ouvert le LabTech Single-Cell@Imagine, un laboratoire de recherche et de développements technologiques, spécialisé dans la génération et l’analyse de données multi-omiques à l’échelle de la cellule unique (single-cell). Ce laboratoire a reçu un soutien de 0,6 million d’euros dans le cadre de l’appel à projets SESAME Filières PIA en 2019.  L’Institut Imagine est accompagné par ADLIN Science afin de mieux gérer, partager et valoriser ces données. La treizième édition du rendez-vous  “MEET MY DATA” organisée par Medicen a permis de détailler la collaboration entre l’Institut Imagine et ADLIN Science faisant dialoguer Marion Pilorge, Directrice Business Development du Département Innovation et Valorisation de l’Institut Imagine, Mickäel Ménager, chargé de recherche Inserm, chef d’équipe et directeur du LabTech Single-Cell@Imagine et Paul Rinaudo, CEO d’ADLIN Science. 

Un énorme volume de données générées 

Si prises séparément les maladies génétiques peuvent sembler peu fréquentes, elles occupent cependant une place non négligeable. “ Il existe plus de 8000 maladies génétiques, mais elles touchent à l’échelle de l’Europe 35 millions de personnes. En France, 3 millions de personnes sont concernées”, précise Marion Pilorge. Pour franchir une nouvelle étape dans la compréhension des maladies génétiques, le LabTech Single-Cell@Imagine s’appuie sur l’analyse de l’expression des gènes cellule par cellule. “Cela permet d’identifier de nouveaux biomarqueurs, des clusters de cellules anormales, de stratifier les patients pour trouver de nouvelles voies thérapeutiques et proposer des solutions personnalisées ”, indique Mickäel Ménager. Grâce à la microfluidique, à partir d’un échantillon de sang, il est possible d’analyser l’expression de milliers de gènes cellule par cellule, pour un maximum de 10 000 cellules par échantillon. Le recours au séquençage, à la bio-informatique et au machine learning permet d’analyser l’ensemble de ces données. 

Trouver de nouvelles solutions thérapeutiques

“Ces projets génèrent énormément de données”, souligne Mickäel Ménager. D’autant que le nombre d’échantillons gérés annuellement au LabTech Single-Cell@Imagine ne cesse d’augmenter : il est passé de 120 en 2020 à 450 en 2022. Au sein de l’Institut Imagine, le LabTech contribue notamment au projet ATRACTion, porté par le Dr Frédéric Rieux-Laucat. Lauréat du quatrième appel à projets “Recherche Hospitalo-Universitaire en santé” (RHU) du programme Investissement d’Avenir, il étudie le profil de 250 enfants sains et de 250 enfants atteints de maladies auto-immunes ou inflammatoires en s’appuyant sur l’analyse de données multi-omiques à l’échelle de la cellule unique pour, à terme, proposer des solutions thérapeutiques reposant sur de nouvelles molécules ou le repositionnement de molécules déjà utilisées dans d’autres pathologies.

Des freins à l’usage 

Pour gérer ces données, l’Institut Imagine collabore avec ADLIN Science, qui propose une plateforme de structuration et de partage des travaux et données biologie moléculaire en médecine de précision. Un accompagnement nécessaire car de nombreux freins ralentissent l’essor de la médecine de précision et le financement de la recherche. “Seulement 5% des données académiques sont exploitables et il faut environ deux ans pour signer un contrat de partage de données”, souligne Paul Rinaudo, CEO d’ADLIN Science. La société a donc conçu une seule et même plateforme proposant des outils de gestion des données, de project management et des outils collaboratifs pour accompagner les scientifiques dans les différentes phases d’un projet. “Notre relation avec Imagine repose sur une approche scientifique avec un accompagnement au quotidien pour aider dans la démarche scientifique, une structuration du protocole et des données. Une approche commerciale, en rendant accessible les travaux à une biotech, et une approche partenariale, en maintenant une interaction permanente avec la DSI et avec les tutelles (INSERM, AP-HP, etc.)”, détaille Paul Rinaudo. ADLIN Science facilite également les interactions et le partage de valeur avec le privé.

Or, la valorisation des données est un point essentiel selon Mickäel Ménager : “Ces données sont coûteuses. Il existe un vrai sujet sur comment aider les chercheurs à valoriser la donnée générée avec ces technologies pionnières.” Pour protéger cette valeur, le partage avec d’autres acteurs se doit d’être effectué au sein d’un cadre sécurisé. “Nous réfléchissons avec ADLIN Science sur l’établissement d’un contrat cadre”, révèle Marion Pilorge. Une protection nécessaire pour des travaux qui vont s’avérer d’autant plus précieux dans les années à venir. “L’objectif est de créer un outil de diagnostic d’ici quatre ans en développant des algorithmes d’intelligence artificielle, de générer une carte d’identité cellulaire du patient que le médecin pourra utiliser en consultation”, espère Mickäel Ménager. Un premier pilier pour l’essor d’une médecine réellement personnalisée.