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Accueil > Parcours de soins > Pr Marc Cuggia (Université Rennes1 – Inserm – CHU de Rennes) : “Penser en amont la convergence des entrepôts de données de santé”

Pr Marc Cuggia (Université Rennes1 – Inserm – CHU de Rennes) : “Penser en amont la convergence des entrepôts de données de santé”

Selon nos informations, l’Université de Rennes 1, le CHU de Rennes et la société Enovacom ont signé un accord cadre de 5 ans pour développer eHOP, l’entrepôt de données de santé développé par le Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI, Inserm/Université de Rennes 1) et le CHU de Rennes. Les coulisses du projet avec le Pr Marc Cuggia, médecin, professeur d’informatique médicale à l’Université de Rennes 1 et au CHU de Rennes et initiateur du Ouest Data Hub (ODH), la plateforme de données de santé du Grand Ouest.

Par Sandrine Cochard. Publié le 07 septembre 2022 à 3h00 - Mis à jour le 03 janvier 2023 à 14h35
  • Ressources

L’Université de Rennes 1, le CHU de Rennes et la société Enovacom s’apprêtent à dévoiler ce mercredi la signature d’un accord pluriannuel de 5 ans pour le développement d’eHOP. En quoi consiste ce partenariat ?

Le partenariat avec Enovacom et Orange existe depuis plus de 10 ans. Cette initiative public-privé, soutenue et financée par l’Agence Nationale pour la Recherche (ANR), a vu la création du laboratoire commun LITIS, dont l’objectif est de faire de la R&D autour de technologies d’entrepôt de données de santé (EDS). Ce partenariat se renforce aujourd’hui avec la signature d’un nouvel accord pour amplifier et pérenniser la recherche et le développement du LITIS autour de la cybersécurité, de l’intégration de sources de données massives telles que l’imagerie et de l’interopérabilité des EDS. L’objectif commun est d’accélérer l’industrialisation et l’innovation de l’entrepôt de santé eHOP pour répondre aux besoins croissants des établissements en matière de stockage, d’accès et d’exploitation de données de santé.

Quel est le rôle de chacun dans ce partenariat ?

Le labcom se charge de la Recherche & Développement (R&D). Enovacom diffuse et installe la technologie eHOP dans les établissements qui en font la demande, via un accord exclusif d’exploitation de la solution signé avec la SATT Ouest Valorisation. C’est un consortium, qui nous engage collectivement (Enovacom, l’université de Rennes 1 et le CHU de Rennes) dans le développement sur plusieurs années de la technologie eHOP et la mise en commun de ressources humaines pour consolider ce laboratoire. Nous avons atteint un cap de maturité qui fait que cette solution est industrielle. Et le fait qu’elle soit adossée à une unité de recherche, un CHU et l’Université de Rennes 1, permet de poursuivre les efforts d’innovation et de recherche autour de cette technologie. C’est tout l’enjeu du laboratoire commun.

Quelle est la feuille de route du projet eHOP ?

Elle s’articule autour de trois enjeux :

  • La sécurité des données. Cela impacte la R&D car la barre est haute, nous devons donc mettre des moyens technologiques. En lien avec l’équipe cybersécurité du LATIM à Brest, nous travaillons sur des algorithmes de dés-identification basés sur l’IA, le tatouage de ces données et l’apprentissage fédéré pour consolider la sécurité de ces données.
  • Les usages dans les projets collaboratifs de recherche. Notre R&D est guidée par les usages et les besoins d’analyse des données exprimés par les chercheurs et les cliniciens. Actuellement nous travaillons sur l’intégration des données d’image et de signal dans l’EDS et l’urbanisation de ces données dans un SIH. Cela permettra aux établissements de réutiliser les données massives provenant de l’imagerie radiologique ou anatomopathologique, des signaux physiologiques produits en anesthésie et réanimation, ou du génome et de la biologie moléculaire.
  • Faire entrer l’EDS dans un cycle de système d’information apprenant : collecter les données, en extraire des connaissances par l’entraînement d’algorithmes à partir de ces données et mettre ces algorithmes en œuvre au lit du patient. Dans 5 ans, il faut que l’on soit dans cette logique, de telle sorte qu’un établissement puisse véritablement concevoir ses outils ou les adapter au lit du patient. Au LTSI, nous menons des projets de recherche focalisés sur ce sujet. Les équipes ont réalisé une POC dans le cadre d’un projet de réanimation pédiatrique, avec la conception d’algorithmes capables d’être utilisés dans des moniteurs de suivi des prématurés. Nous voudrions que ce cycle puisse être accéléré et simplifié avec la technologie eHop.
L’équipe Imagerie du CHU de Rennes, qui produit et doit consulter de nombreuses données de santé pour la prise en charge des patients. (Crédit : CHU de Rennes)

Combien de personnes sont mobilisées sur le projet ?

L’équipe de R&D compte entre 15 et 20 personnes. Elle est composée de permanents, doctorants, post-doctorants et d’ingénieurs issus soit de l’Université, soit du CHU ou d’Enovacom et qui sont regroupés dans une même équipe. L’équipe maintenance, diffusion et installation de la solution, qui relève d’Enovacom, compte une dizaine de personnes.

Comment partagez-vous la valeur ?

La propriété intellectuelle va être partagée entre les partenaires académiques et industriels. C’est un point important en termes d’engagement dans le partenariat. Auparavant, Enovacom installait la solution. Là, il en devient le co-développeur.

Combien d’établissements de santé sont concernés ?

eHOP a été industrialisé et intégré au sein de 18 CHU et établissements de santé, notamment l’ensemble des hôpitaux universitaires du Grand Ouest ainsi que ceux des réseaux du Nord et de l’Est. eHOP permet à un établissement de pleinement s’approprier le gisement de données qu’il produit et de pouvoir les réutiliser pour son propre usage ou pour des usages collectifs. L’enjeu aujourd’hui est de pouvoir répondre à l’appel d’offres EDS lancé par le gouvernement cet été. Les établissements vont devoir s’équiper des technologies d’entrepôt de données qui soient matures, conformes au référentiel de sécurité de la Cnil et capables de s’interfacer avec les plateformes nationales, comme le Health Data Hub (voire européennes, lire notre article consacré au TEHDaS, NDLR). L’idée d’eHOP est de mettre en place ces briques technologiques indispensables dans la réutilisation des données de santé dans les établissements.

Quel est l’intérêt pour un établissement de déployer un EDS ?

Les EDS permettent d’exploiter les gisements de données de santé pour de la recherche et de l’innovation, à caractère académique ou industrielle. Un établissement peut alors accueillir des start-up ou des industriels pour mettre au point (ou valider des technologies) à partir des données de vie réelles issues des EDS. Les établissements de santé deviennent ainsi des acteurs de la mise au point de nouveaux outils pour la prise en charge des patients, ou de l’évaluation de ces outils (embarquant notamment de l’IA puisqu’il faut pouvoir les tester avec des données patients). 

Quel regard portez-vous sur l’évolution des technologies d’EDS ?

Elles étaient émergentes dans les années 2010. Dans les années 2020, nous arrivons à des solutions matures qui se déploient véritablement. Le but de ces EDS est de permettre le développement d’outils d’aide à la décision basés sur des données de santé, pour répondre aux besoins et à la prise en charge des patients. Pour cela, il faut avoir en tête l’enjeu global du partage des données de santé à large échelle. Or, nous n’y arriverons pas si nous ne pensons pas cette convergence en amont.

C’est-à-dire ?

Les EDS sont des briques qui vont être vraiment importantes à l’avenir pour les établissements de santé. C’est un enjeu important pour la France car la concurrence dans ce domaine est féroce. Il faut donc saluer les initiatives et les moyens mis en œuvre pour encourager leur développement, comme le HDH et la stratégie nationale du numérique en santé. Il est crucial d’avoir un système de santé efficient technologiquement. Mais il ne faut pas faire avec les EDS la même erreur qu’avec les DPI, où on a assisté à une floraison de DPI tous différents dans nos établissements, ce qui a abouti à des difficultés pour partager les données. Il ne faut pas qu’il y ait trop de solutions d’EDS différentes qui se déploient ou du moins que celles-ci adoptent des standards qui garantissent la convergence et la souveraineté nationale. On aura beaucoup de mal à partager les données et à avoir des données homogènes et de qualité qui puissent être réutilisables si on a une balkanisation des systèmes d’EDS. Penser cette convergence, c’est faire le choix de technologies communes, et d’organisations équivalentes capables d’exploiter pleinement les EDS. C’est en ce sens qu’ont été créés dans le Grand-Ouest (et au-delà) des Centres de Données Cliniques dans chacun des établissements qui ont adopté eHOP. En regroupant les moyens indispensables C’est à l’exploitation des données massives hospitalières, les CDC permettent d’accéder plus facilement à plus de données de qualité, donc d’être plus compétitifs au niveau national, voire européen.

Quels sont les grands enjeux d’un EDS aujourd’hui ?

Croiser des données entre plusieurs établissements, avec des données de cohorte ou d’essai clinique, avec des données de ville ou celle de l’assurance maladie est très souvent indispensable dans les études. Ainsi une des finalités des EDS est de pouvoir alimenter des plateformes régionales (Ouest Data Hub), nationales (HDH) et demain européennes permettant de traiter ces données à large échelle. Cela suppose d’être en conformité, notamment au niveau des exigences de sécurité, d’être interopérable et de pouvoir intégrer des données à large échelle, comme pour les projets multicentriques, avec des technologies de communication et d’export de ces données. Un EDS comme eHOP doit donc répondre aux enjeux de “désilotage”, de mise en qualité et d’’interopérabilité, en amont de l’EDS mais aussi en aval pour pouvoir alimenter des plateformes de partage de données.

Au-delà de la brique technique, l’enjeu qui me semble le plus critique porte actuellement sur les moyens humains qui seront en charge de l’EDS dans un établissement. Les données de vie réelles sont complexes et nécessitent des équipes multidisciplinaires d’informatique médicale pour garantir une exploitation optimale : ingénieur des données, datascientists, responsables d’étude, professionnels de santé… Il y a une notion de masse critique à atteindre en matière de ressources techniques et humaines. Aujourd’hui ce sont surtout les gros établissements qui sont capables de soutenir cette charge, mais des projets à l’échelle des GHT ou d’établissement de plus petite taille pourront s’appuyer sur l’expérience des établissements à vocation académique. C’est dans cet esprit de coopération interétablissements que le GCS HUGO, et d’autres réseaux d’établissement ont inscrit leurs stratégies pour la réponse à l’appel d’offres national.

eHOP

eHOP est l’Entrepôt de Données de Santé (EDS) développé par le LaboratoireTraitement du Signal et de l’Image (LTSI, Inserm/Université de Rennes 1) et le CHUde Rennes. Dédié aux professionnels de santé, chercheurs et data scientists, cet EDSpermet d’exploiter, de manière sécurisée, les données de vie réelles dans denombreux cas d’usages : recherche clinique, détection de biomarqueurs, études épidémiologiques, veille sanitaire, évaluation des pratiques ou encore pourl’enseignement.

eHOP est une plateforme technologique composée de plusieurs briques :

  • un ETL : une brique de transfert des données issue d’Enovacom capable d’extraire les données dans les différentes sources de données de l’établissement (DPI, système de gestion du laboratoire…), de les transformer et de les charger.
  • le stockage et l’intégration des données : “Le but de l’EDS est de rendre ces données réutilisables, ce qui suppose de les intégrer dans une base, de les traiter de telle sorte qu’elles soient désidentifiées (pseudonymisées) et mises en qualité (ou indexées) pour qu’on puisse ensuite les retrouver par mots-clés ou via des terminologies de telle sorte qu’elles puissent être utilisables dans différents systèmes”, explique le Pr Marc Cuggia.
  • l’exploitation des données : un ensemble d’outils, de fonctionnalités qui permet de lancer des requêtes, faire des traitements, lancer des extractions, des analyses ou des entraînements d’algorithmes etc.
  • le guichet (“front-end”) : le portail de recherche qui permet d’organiser l’accès aux données dans l’établissement et de mettre à disposition les extractions de données (que l’on extrait des entrepôts pour les différents utilisateurs).

eHOP est utilisé par les Centres de Données Cliniques (CDC) pour répondre aux différentes sollicitations d’accès aux données de l’EDS. Le CDC accompagne les porteurs de projet, pour mettre à disposition les jeux de données issues de l’entrepôt ou apporter une aide au développement d’algorithmes, au traitement ou d’analyse des données. Concrètement, un chercheur ou un doctorant contacte le CDC à travers un portail recherche. Le CDC propose alors à l’investigateur une consultation méthodologique qui permet de mettre au point une stratégie d’extraction, de ciblage des données d’intérêt pour répondre aux usages et besoins exprimés (pharmacovigilance, pilotage de l’établissement et des soins, évaluation des pratiques…). “La mise à disposition des données respecte le principe de parcimonie, guidé par la Cnil”, rappelle le Pr Marc Cuggia. Les jeux de données sont mis à disposition au travers d’un datamart (sous-ensemble d’un entrepôt de données) avec les outils d’interrogation, d’annotation et d’analyse, le tout dans un environnement sécurisé. Ainsi, l’investigateur s’il le souhaite, peut être pleinement autonome pour réaliser l’exploitation des données fournies avec des outils à l’état de l’art (R Studio, Jupyterlab, etc).

eHOP est présent dans 18 établissements de santé en France. Dans le Grand Ouest, le parc eHOP géré par les 6 CDC concerne aujourd’hui 5 millions de patients, 130 millions de documents et 1,2 milliard de données structurées. “Nous sommes aujourd’hui capables de partager et d’exploiter de manière collaborative ou partie de ces données. Cela a été longtemps – et peut-être encore aujourd’hui – le plus gros réseau de données massives en Europe”, se réjouit le Pr Cuggia. L’aboutissement d’une stratégie de convergence menée ces dernières années dans le réseau d’hôpitaux du GCS (Groupement de coopération sanitaire) Hugo, où le choix a été fait de s’équiper d’une technologie commune, avec des organisations équivalentes.

Pr Marc Cuggia

Médecin et professeur d’informatique médicale à l’Université de Rennes 1 et au CHU de Rennes, le Pr Marc Cuggia dirige l’équipe de recherche DOMASIA (Données Massives et Systèmes Apprenant en Santé – au LTSI (Laboratoire Inserm du Traitement du Signal et de l’Image). Il dirige le Centre de Données Clinique (CDC) du CHU de Rennes et coordonne le Réseau interrégional des CDC du Grand-Ouest.

Sandrine Cochard
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