Le PSCC veut accélérer la structuration des données de vie réelle des hôpitaux

Les données de vie réelle constituent une piste pour accélérer le développement de traitements innovants. Générées lors des soins réalisés en routine, ces données ne sont pas collectées dans le cadre d’essais cliniques mais via des entrepôts de données de santé (EDS), des registres ou des cohortes de recherche. Le Paris-Saclay Cancer Cluster (PSCC) a lancé un projet visant à structurer les données de vie réelle stockées dans les EDS des hôpitaux pour pouvoir exploiter pleinement leur potentiel.

 “Aujourd’hui, personne ne dispose de données sur la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques. Par exemple, certaines personnes peuvent devenir résistantes à un traitement, en étudiant les analyses génétiques des tumeurs cellulaires de ces personnes, il serait possible de trouver la mutation commune qui leur a permis de résister. Cette recherche est aujourd’hui impossible, souligne Benjamin Garel, le directeur général du PSCC, à mind Health. Autre possibilité offerte par les données de vie réelle, les bras synthétiques, qui permettent de modéliser les chances de survie d’un patient et de comparer cette projection au traitement plutôt qu’à un groupe placebo. Cela divise par deux le temps de recherche par rapport à un bras de contrôle normal. À terme, nous pourrions même simuler ce que donnerait la molécule. Mais ces bras synthétiques nécessitent énormément de données. Ils peuvent également être utiles aux modèles d’apprentissage d’intelligence artificielle, capables de détecter des métastases invisibles à l’œil humain. Mais ces modèles d’apprentissage sont là encore gourmands en données qualifiées.”

Le potentiel des données multicentriques

Le PSCC finance donc des hôpitaux afin de travailler sur la structuration et l’interopérabilité des données et faciliter à terme leur utilisation. L’Institut Gustave Roussy, l’Institut Curie, l’hôpital Foch et l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP) sont les premiers à avoir rejoint le projet. Le PSCC est actuellement en discussion avec l’Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille (AP-HM) et le Centre Léon Bérard. Le PSCC compte également avoir accès à des données multicentriques européennes. “Nous sommes en train de négocier un partenariat avec le consortium Cancer Core Europe. L’accès aux données des patients européens est extrêmement compliqué alors que tout le monde en a besoin”, affirme Benjamin Garel. Outre Gustave Roussy, le consortium compte six autres membres : le Cambridge Cancer Centre (Cambridge, Angleterre), le Karolinska Institutet (Stockholm, Suède), le Netherlands Cancer Institute (Amsterdam, Pays-Bas), le Vall d’Hebron Institute of Oncology (Barcelone, Espagne), le German Cancer Research Center et National Center for Tumor Diseases (Heidelberg, Allemagne) et l’Istituto Nazionale dei Tumori (INT) di Milano (Milan, Italie). 

Pouvoir baser ces travaux de recherche sur des données multicentriques présente plusieurs avantages. En premier lieu, cela permet comme le soulignait le Pr Fabrice Barlesi, le directeur général de Gustave Roussy, lors de la conférence de presse, d’éviter “les particularités de recrutement et de traitement” liées à un centre. Pour Benjamin Garel, le multicentrique permet également de s’adapter à l’évolution de la recherche en oncologie : “Les cancers vont devenir des maladies rares, car on choisit aujourd’hui des patients qui ont certaines caractéristiques, par exemple, un patient atteint d’un cancer du poumon ayant développé une résistance à tel traitement et étant atteint de telle mutation. Le multicentrique permet ainsi d’apporter un nombre conséquent de patients.” Le biocluster cherche également à accéder à des données profondes. “Peu d’hôpitaux ont ce type de données, mais c’est le cas notamment de Gustave Roussy. Cela peut être, par exemple, des patients pour lesquels vous auriez des données d’analyse génomique profonde, où les mutations présentes de la tumeur ont été analysées cellule par cellule”, révèle Benjamin Garel. 

Travailler sur la valorisation de la donnée

Pour permettre aux hôpitaux de structurer ces bases d’apprentissage, le biocluster s’est allié à Unicancer afin de transformer le format Osiris en Osiris RWD (real world data), un format de données interopérables permettant aux établissements de conserver leurs données en interne. Le Paris-Saclay Cancer Cluster est également en négociation avec Unicancer pour utiliser Consore, son logiciel qui analyse les données des hôpitaux pour les structurer. Il permet, par exemple, de remplir automatiquement les effets secondaires en extrayant les informations des comptes rendus médicaux et en remplissant certains fichiers Excel au format Osiris RWD. L’ambition du PSCC est de transformer Consore en logiciel open source. 

S’il finance et fournit aux hôpitaux une base technique, le PSCC exige cependant que ces derniers s’attaquent également aux problématiques retardant l’accès aux données. “L’aspect technique représente le coût le plus important, car il faut nettoyer les données et les structurer. Mais deux autres sujets sont importants :  l’accès administratif et la valorisation de la donnée. Sur l’aspect administratif, nous nous focalisons sur la possibilité de déposer une MR-004 (la méthodologie de référence définie par la Cnil pour encadrer les traitements de données à caractère personnel à des fins d’étude, évaluation ou recherche n’impliquant pas la personne humaine, ndlr) de manière multicentrique. La valorisation est également un sujet. Quand on interroge les industriels, la discussion sur la valorisation de l’accès à la donnée de santé peut parfois prendre six mois, voire un à deux ans. L’objectif est donc de la valoriser de manière rapide. Nous souhaitons qu’une fois la question posée, l’industriel puisse obtenir toutes les obligations réglementaires et le devis d’accès à la donnée de santé en moins de trois mois”, explique Benjamin Garel. Le PSCC prévoit d’investir 25 millions d’euros sur deux ans pour permettre aux établissements de réaliser cette structuration. “Nous espérons engager 10 millions d’euros dès cette année”, précise Benjamin Garel. L’accès aux données devrait être ouvert à la fin de l’année 2024.