TENDANCES 2024 – La génomique, une révolution en devenir

Où en est la médecine génomique aujourd’hui ? Dans la lutte contre le cancer, c’est une voie de plus en plus explorée car elle permet notamment d’établir une “carte d’identité” de la tumeur, de mieux diagnostiquer et de mettre en évidence les prédispositions génétiques aux cancers, à travers le séquençage de plusieurs gènes pour trouver des variants génétiques responsables d’un risque augmenté de cancer. Sur le volet des maladies rares, on observe que le déploiement du séquençage à haut débit (qui consiste à analyser les gènes qui composent l’ADN d’un patient) est aussi un atout pour poser un diagnostic, sachant que 80% des maladies rares sont d’origine génétique. Les signaux du marché sont encourageants, au regard des récentes avancées technologiques et des politiques qui les accompagnent.

Signaux forts et faibles

• AstraZeneca investit le champ de la médecine génomique, en signant un accord de collaboration et d’investissement avec la biotech française Cellectis, spécialisée dans la médecine génomique au stade clinique. AstraZeneca a aussi conclu récemment un accord avec Pfizer pour l’acquisition de thérapies géniques précliniques dans le traitement des maladies rares, porté par la branche Alexion, AstraZeneca Rare Disease dédiée aux maladies rares.
• Sanofi, WhiteLab Genomics, le laboratoire TaRGeT de Nantes Université et l’Institut Imagine ont lancé le consortium WIDGeT (Viral Vector Intelligent Design for Gene Therapy) visant à accélérer le développement de thérapies géniques à base de vecteurs viraux dérivés de virus adéno-associés (AAV) pour le traitement de la dégénérescence maculaire liée à l’âge (DMLA) et des podocytopathies héréditaires (maladies rénales). Ce consortium bénéficie d’un soutien financier du plan Innovation santé 2030.
• GSK a conclu un accord de licence avec 23andMe pour bénéficier de l’accès à sa base de données génétiques pour la découverte de nouvelles cibles médicamenteuses. 23andMe constitue la plus grande ressource au monde d’information génétiques et phénotypiques, provenant de ses clients. GSK aura accès à des données synthétisées, désidentifiées et issues de l’analyse globale du génome et du phénome.
• Aera Therapeutics a levé 193 M$ en financements combinés de séries A et B pour permettre l’essor des médicaments génétiques.
• Le nouveau biocluster “GenoTher” annoncé en mai 2023 fait partie des bioclusters soutenus et labellisés dans le cadre de l’AMI “Bliocluster” du Plan Innovation Santé 2030. Fondé par Généthon, Genopole, Université d’Evry – Paris – Saclay et Yposkesi, GenoTher développe des plateformes et des technologies de thérapie génique basées sur l’ADN, l’édition de gènes par l’ARN et les cellules génétiquement modifiées. Il rassemble plus de 30 acteurs de la thérapie génique. Il a pour objectif d’établir un écosystème de premier plan dédié aux thérapies géniques, alors que d’ici 2025, plus de 20% des nouveaux produits lancés seront des thérapies géniques. Il permettra la création et le développement d’entreprises et accélère les projets de R&D. L’ambition est de développer une dizaine de thérapies géniques, pour des maladies rares et fréquentes. Parmi les thérapies géniques actuellement approuvées, quatre ont été lancées ou financées par des membres de GenoTher (Zolgensma, Luxturna, Skysona et Zynteglo) et 12 autres produits utilisent des technologies issues de ses partenaires.
• L’institut Curie et la société Agilent ont développé un outil de séquençage pour le profilage génomique complet de tumeurs solides. Leur kit SureSelect CD Curie CGP permet d’identifier certaines anomalies génétiques à l’origine des cancers, en réalisant le séquençage d’un panel de 571 gènes. L’outil a été conçu par les généticiens et bio-informaticiens de Curie grâce à la technologie de séquençage développée par Agilent.
• Gustave Roussy, Roche et Foundation Medicine (filiale de Roche depuis 2018), ont annoncé en septembre 2023 un partenariat afin de transférer la technologie de FoundationOne Liquid CDx, un test de profilage génomique sanguin complet, pour établir à Gustave Roussy une plateforme d’analyse de tests de biopsie liquide. Le test analyse plus de 300 gènes liés au cancer pour rechercher les altérations génomiques qui provoquent la croissance de la maladie afin de poser un diagnostic plus rapidement et orienter les stratégies de traitement. L’objectif annoncé est de réaliser 10 000 analyses annuelles, qui débuteront au premier trimestre 2024.
• Le 15 décembre 2023, L’Agence européenne du médicament a recommandé l’approbation du premier médicament utilisant la technologie d’édition génétique CRISPR/Cas9, permettant de couper l’ADN à un endroit précis du génome. Ce traitement, nommé Casgevy, est destiné aux malades de la bêta-thalassémie transfusionnelle et de la drépanocytose sévère. Cette thérapie innovante pourrait “libérer les patients du fardeau des transfusions fréquentes et des crises vasoocclusives douloureuses qui surviennent lorsque les globules rouges falciformes bloquent les petits vaisseaux sanguins” déclare l’agence dans son communiqué.

Le plan Génomique France 2025 mobilise l’écosystème

Pour s’assurer que chacun puisse accéder à ces nouvelles technologies, la France a mis en place le plan France médecine génomique 2025, qui vise à faire émerger une filière médicale et industrielle nationale en médecine génomique. Ce plan “semble bien progresser” constate Franck Mouthon, président de France Biotech, interrogé par mind Health sur ce volet.

Les objectifs principaux du plan sont :

• préparer à l’intégration de la médecine génomique dans le parcours de soins courant et la prise en charge des pathologies ;
• garantir l’accès à la médecine génomique aux patients qui en ont besoin, atteints par exemple d’un cancer ou d’une maladie rare ;
• mettre en place une filière nationale de médecine génomique, qui soit capable de servir de levier d’innovation scientifique et technologique.

L’innovation porte à la fois sur l’aspect séquençage (les nouvelles générations de séquenceurs à haut débit) et un volet informatique avec le développement, par exemple, de nouveaux matériels liés à la génomique et de l’intelligence artificielle. Sur les volets du soin et de la recherche, le Collecteur Analyseur de Données (CAD) fournira une infrastructure de collecte des données génomiques et de mise à disposition de services. Il sera hébergé au Centre Informatique National de l’Enseignement Supérieur (Montpellier) et au Très Grand Centre de Calcul du CEA (Ile-de-France). Il sera alimenté par les laboratoires de biologie médicale AURAGEN et SeqOIA et recevra les données provenant des quatre projets pilotes du plan, à savoir MULTIPLI (dans le domaine du cancer), DEFIDIAG (ciblant une catégorie de maladies rares), GLUCOGEN (diabète) et POPGEN (sur la population générale).

La thérapie génique sur le devant de la scène

D’autre part, la thérapie génique consistant à introduire dans l’organisme du matériel génétique comme médicament, se développe, même s’il s’agit d’une technologie relativement récente et coûteuse. En mai 2023, on comptait 24 médicaments de thérapie génique approuvés par les autorités de santé dans le monde et 3000 produits en cours de développement. Selon Frédéric Revah, CEO de Généthon, on compte une trentaine de thérapies géniques autorisées au début 2024. À l’horizon 2025, 20 % des nouveaux produits enregistrés seront basés sur les technologies de thérapie génique.

Pour encourager l’essor des thérapies ciblées et de la médecine personnalisée, beaucoup d’efforts restent à faire. Franck Mouthon observe que “certains financements du plan France 2030 vont dans ce sens” et que “beaucoup de cohortes évoquent la notion de génomique au sens large”. Toutefois, il rappelle que des obstacles demeurent, à commencer par “les contraintes réglementaires” qui pèsent sur l’utilisation de ces outils et “la nécessité de créer des actes pour inciter les soignants à se servir de la génomique”.

Le PNMR 4 est imminent

En 2024, les maladies rares seront encore sous le feu des projecteurs avec le déploiement du PNMR 4. “Nous sommes en train de préparer un PNMR 4 qui s’inscrit dans une volonté nationale de créer un plan ambitieux dans les maladies rares. Les trois séquences précédentes ont structuré un réseau très reconnu au niveau européen. L’ensemble de l’écosystème est intégré, il y a un travail collectif très vertueux. Il faut conserver cette avance” déclare Franck Mouthon.

Pour rappel, les priorités du PNMR 3 étaient les suivantes : réduire l’errance diagnostique, améliorer la qualité de vie et le parcours des personnes malades grâce à des appels à projet et faire progresser les connaissances et l’accès aux traitements. Déjà, la Banque Nationale de Données Maladies Rares (BNDMR), déployée dans le plan, a permis de structurer la collecte de certains types de données, mettant en lumière le lien entre les données cliniques et les données génomiques produites par les plateformes de séquençage financées par le gouvernement dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025. D’autres initiatives, enfin, à l’instar de l’outil RDK (Rare Disease Knowledge) co-développé par Tekkare et la base Orphanet, participent à la diffusion des connaissances sur les maladies rares auprès des médecins généralistes et des patients, pour faciliter le cheminement vers les centres experts répartis sur le territoire.