OncoDataHub : observer l’efficacité des thérapies grâce aux données

Le 13 décembre 2022, la Cnil a accordé à Unicancer une autorisation de constitution et d’exploitation pour l’OncoDataHub, son entrepôt centralisé de données de santé en vie réelle. Une étape importante pour le développement de ce projet né en 2021, à la suite d’un partenariat signé entre Unicancer et le laboratoire Roche.

“Unicancer bénéficiait d’une expertise acquise avec son premier programme d’entrepôt de données de santé ESMÉ et Roche avec son programme PRM de collecte de données des prescriptions des traitements anticancéreux en vie réelle. L’idée était de mutualiser les savoir-faire afin de développer un nouvel entrepôt, qui a pour visée d’être un observatoire du médicament et de l’innovation thérapeutique en oncologie. Contrairement à ESMÉ, le mode de collecte des données est automatique, cela nous permet d’avoir l’ambition de coller le plus possible à l’actualité de la prise en charge et de délivrer rapidement des informations aux acteurs gravitant autour du domaine de l’oncologie : les médecins chercheurs, les hôpitaux, les institutions publiques et les industriels du médicament. Notre but est vraiment de soutenir la capacité technologique des établissements à se mettre en situation de concentrer les données sur un mode automatique”, affirme Anne-Laure Martin, directrice des datas et des partenariats d’Unicancer. Alors que les innovations transforment la prise en charge des cancers, l’OncoDataHub s’est donné pour mission de guider la pratique médicale et d’éclairer les décisions des autorités de santé en s’appuyant sur une évaluation des stratégies actuelles. 

30 établissements de santé partenaires 

La collecte des données s’effectue sur deux indications : le cancer du sein et le cancer broncho-pulmonaire.

“Après une grosse année d’existence, 30 établissements de santé collectent des données pour ODH et les déposent sur un espace sécurisé. Notre objectif est de rassembler différents types d’établissements répartis sur tout le territoire, certains avec de grandes files actives comme des centres de lutte contre le cancer (CLCC) et d’autres avec de petites files actives, afin qu’ODH soit représentatif de la prise en charge des patients atteints d’un cancer en France “, précise Marie Deniau, pilote du projet ODH chez Unicancer. Les 30 établissements partenaires comptent 11 CLCC, 15 centres hospitaliers (CH) et établissements de santé privé d’intérêt collectif (ESPIC) et 4 cliniques privées. 

Grâce à la collecte automatisée, le OncoDataHub a des objectifs ambitieux concernant le volume de patients et le délai de mise à disposition des données. “Aujourd’hui dans le gel de la base de données 31 000 patients sont disponibles : 18 700 patients pour  le cancer du sein et 12 300 pour  le cancer du poumon. Au mois de janvier, des établissements ont de nouveau extrait des données pour ODH, nous aurons donc 40 000 patients prochainement. Lorsqu’ODH aura atteint un rythme de croisière, nous estimons un apport de 10 000 à 15 000 nouveaux patients par an. L’intérêt de la collecte automatique est de pouvoir aller vite. Nous voulons mettre en place une cadence selon laquelle, tous les six mois, les établissements nous déposent de nouvelles données et mettent à jour celles des patients déjà en base. De notre côté, nous voulons assurer des temps de traitement rapides pour qu’en moins de six mois, ces nouvelles données soient mises à disposition des chercheurs ou des industriels, à la suite de processus qualité s’assurant de leur qualité et de leur fiabilité”, détaille Marie Deniau. 

Développer les entrepôts de données de santé 

Favoriser la réutilisation des données de santé est un enjeu fort pour accroître la recherche et l’innovation médicale. Les pouvoirs publics cherchent donc à développer l’écosystème des entrepôts de données de santé comme en témoigne l’appel à projets “Accompagnement et soutien à la constitution d’entrepôts de données de santé hospitaliers” lancé par Bpifrance dans le cadre de la stratégie d’accélération “Santé numérique” (voir encadré).

Reste que pour la majorité des établissements de santé, la structuration des données demeure un défi. “Les services informatiques et les DSI des établissements de santé ne sont pas forcément dotés au mieux-disant pour gérer les problématiques actuelles comme la cybersécurité. Lorsque des opérateurs tels que nous arrivons avec une démarche de structuration des données pour constituer un entrepôt local, cela représente un surcroît d’activité. Il faut arriver à articuler cela, à dégager des financements pour renforcer les équipes. La complexité du principe de collecte automatisé est également lié à l’architecture et à la structuration même de ces SIH qui  reposent sur très peu de données préstructurées, on estime qu’il y a à peu près 80% des données qui sont des scans de comptes rendus en PDF”, explique Anne-Laure Martin. 

Le défi de la collecte automatisée 

Unicancer accompagne les établissements participant à ODH afin qu’ils soient en capacité  d’être en automatisation complète sur un périmètre défini de données. “Avec ODH, 60 variables sont collectées par patient. Elles ont été définies en 2021 par un comité scientifique, l’idée était véritablement d’arbitrer entre les éléments nécessaires à la compréhension de la prise en charge des patients et la capacité des établissements de santé à les collecter à plus ou moins court terme de façon automatique. Ces 60 variables constituent véritablement le socle, le minimal dataset, pour caractériser finement les populations et décrire les prises en charge thérapeutiques”, annonce Marie Deniau. ODH adapte ensuite son accompagnement à la maturité de l’établissement. “Notre accompagnement démarre par un état des lieux avec les équipes pour avoir une compréhension des sources et des formats de données. Ensuite, l’objectif est de faire coïncider leur calendrier de développement avec celui d’ODH. Notre aide peut aller jusqu’à développer des requêtes pour qu’ils puissent contribuer à ODH. Pour certaines variables, nous pouvons leur mettre à disposition des modèles informatiques intégrables sur leurs propres outils afin qu’ils puissent extraire leurs données et les envoyer sur notre plateforme”, décrit Marie Deniau. Pour pallier la difficulté de certains établissements à réaliser une collecte automatique, ODH complète aujourd’hui avec de la saisie manuelle des données, mais ce fonctionnement n’a pas vocation à durer.

L’expertise acquise par les établissements sur le projet ODH constitue une base solide pour constituer un entrepôt de données local. “Au cœur de ces entrepôts locaux, une question cruciale est la qualité des données afin que  les analyses qui en sont issues soient crédibles. Ce que nous sommes en train de mettre en place en termes de contrôle qualité pour ODH, ils vont pouvoir l’appliquer en grande partie dans leur projet d’entrepôt local”, souligne Anne-Laure Martin. Autre avantage, les établissements peuvent mettre à profit leur capacité à exploiter les données présentes dans leur système d’information pour conduire d’autres projets de recherche sur des pathologies différentes ou pour produire des benchmark internes, des indicateurs internes sur la gestion des soins ou des pratiques. 

En quête de nouveaux partenaires et investisseurs 

D’ici 12 à 18 mois, Unicancer espère compter une soixantaine d’établissements partenaires.  “Nous avons un échange très nourri avec des groupements d’établissements de santé. Nous avons également un partenariat signé avec le RESPIC, l’association des établissements ESPIC pour la recherche. Nous discutons avec elle sur la dynamique à mettre en place concernant la constitution de réseaux d’entrepôts locaux et d’entrants dans le programme ODH”, indique Anne-Laure Martin.

ODH est également en quête de nouveaux investisseurs. “Cela nous permettrait d’élargir les indications, voire de raisonner sur des populations, par exemple la population gériatrique, ou par classes thérapeutiques. Le champ des possibles est grand, nous voulons arriver à construire un entrepôt assez agile pour s’adapter aux préoccupations des politiques de santé et à l’arrivée d’innovations thérapeutiques sur le marché”, affirme Anne-Laure Martin. 

Un modèle de gouvernance sous forme de consortium

D’autant que le modèle de gouvernance envisagé ne repose pas sur un fonctionnement bipartite. “Unicancer est l’opérateur responsable légal de l’entrepôt, il est totalement autonome dans sa gestion. Roche est le premier investisseur, il aura donc toujours une position particulière, mais nous devons aboutir à un format de consortium réunissant tous les investisseurs, qu’ils soient publics ou privés, que les investissements se fassent sous forme de financements ou de savoir-faire. Il est également prévu que des associations de patients intègrent ce consortium. Ce dernier a vocation à présider la stratégie de développement de l’entrepôt”, expose Anne-Laure Martin. 

Le règlement des entrepôts de données de santé prévoit également la présence d’un comité scientifique, celui d’ODH est  constitué d’experts indépendants :  médecins, professionnels de santé et méthodologistes. “Chaque projet de recherche va être expertisé par le comité scientifique. Il va examiner sa recevabilité scientifique, éthique voire déontologique ainsi que la faisabilité du projet. Si le comité émet un avis favorable, le projet peut être mis en œuvre sans transfert de données par une ouverture d’accès au porteur de projet sur un espace sécurisé ou avec Unicancer positionné en intermédiaire pour réaliser lui-même l’analyse des données. C’est un engagement fort que nous avons pris auprès des établissements, les données sont concentrées au niveau d’Unicancer, elles ne sortent pas de l’entrepôt sauf situation exceptionnelle, par exemple, si nous faisons alliance avec d’autres initiatives en Europe pour conjuguer nos efforts sur des pathologies très rares. Nous garantissons le niveau de sécurité le plus optimal sur ces données de santé”, assure Anne-Laure Martin. De plus, les données sont pseudonymisées afin qu’il ne soit pas possible de remonter à l’établissement. 

Une mise à disposition pour la recherche avant l’été 2023

Pour le moment, aucun projet de recherche n’a encore eu accès aux données d’ODH. L’une des aspirations de l’entrepôt est de les mettre à disposition des chercheurs avant l’été 2023. “Un autre objectif à court terme est de travailler de façon très fine les processus techniques avec les établissements afin d’aller vers l’automatisation complète. Le dernier, à court terme, est d’être en capacité de proposer l’appariement au Système National des Données de Santé (SNDS) pour capter tous les compléments informatifs concernant la prise en charge globale des patients : que ce soit l’aspect traitement de ville – avec toute l’émergence des thérapies orales dans le traitement du cancer – ou le parcours de soin”, énonce Anne-Laure Martin.