TENDANCES 2025 – EDS : les enjeux du développement 

Contexte

L’essor des entrepôts de données de santé ne se dément pas. Au 23 janvier 2025, mind Health a recensé 135 entrepôts de données de santé (EDS) autorisés par la Cnil ou conformes à son référentiel. Ces EDS ont été créés par 122 établissements et industriels de santé, parfois en consortium. Selon ce décompte, 21 centres hospitaliers universitaires (CHU) sur 32 disposaient à cette date d’un EDS. D’après l’enquête dédiée à l’innovation dans les CHU, diffusée lors du CHU HealthTech Connexion Day le 2 décembre 2024, l’ensemble des 32 CHU sont en cours de mise en place d’un EDS. 

Depuis 2022, la création d’un réseau national d’EDS est un enjeu pour les pouvoirs publics. L’appel à projets (AAP) “Accompagnement et soutien à la constitution d’entrepôts de données de santé hospitaliers” (EDSH, piloté par la DGOS et opéré par Bpifrance avec le soutien du Health Data Hub (HDH) a permis de multiplier les projets. Outre le soutien à la constitution d’EDS, il vise à favoriser “la production et le partage fluide des données de santé, ainsi que leur exploitation entre acteurs publics et privés de la recherche et de l’innovation.” Initialement doté de 50 millions d’euros, son enveloppe totale a finalement été portée à 75 millions d’euros en mars 2023. 

En concentrant un volume important de données alimentées par de multiples sources, les entrepôts de données de santé offrent de nouvelles perspectives pour la recherche clinique, le pilotage d’établissement ou encore la prise en charge des patients. Leur développement devient d’autant plus crucial pour profiter des possibilités offertes par le déploiement de l’intelligence artificielle et de l’IA générative en santé. Lors d’une conférence de presse le 19 novembre, Monique Sorrentino, directrice générale du CHU de Grenoble, membre du GCS HOURAA lauréat de l’AAP EDSH, expliquait que les EDS constitués permettront de développer des modèles d’IA afin de détecter les patients présentant des facteurs de risque et de mettre en place des actions de prévention. Avec la constitution de son EDS, l’Institut Curie entend également mettre à profit la richesse de ses données grâce à l’IA. 

Signaux forts et signaux faibles

• Les lauréats de la seconde vague de l’AAP EDSH ont été dévoilés en décembre 2023. 16 projets ont été financés, en majorité portés par des consortiums.
• La seconde vague de l’AAP DAtAE, qui vise à développer la recherche grâce aux EDSH a été lancée en octobre 2024. Sa première édition avait récompensé 15 projets, impliquant 9 établissements de santé.
• Le projet P4DP (Platform For Data in Primary care) a obtenu l’autorisation de la Cnil pour son EDS de médecine générale à l’échelle nationale. Ce projet, financé à hauteur de 10 M€ par Bpifrance, est porté par un consortium, notamment constitué du Collège National des Généralistes Enseignants et du HDH. Huit projets sélectionnés via un AAP doivent permettre de démontrer l’intérêt et les bénéfices d’apparier les données de P4DP à celles de l’Assurance maladie.
• Le Comité stratégique des données de santé a produit, en novembre 2023, des recommandations pour un socle commun de données de santé ayant vocation à être adopté par l’ensemble des EDS. Le HDH a indiqué en janvier 2025 à mind Health qu’un second groupe de travail est en cours pour accompagner les acteurs dans l’implémentation de ce socle de 51 items.
• En décembre 2024, lors du webinaire présentant les résultats de la consultation publique portant sur ses treize référentiels santé, la Cnil a annoncé qu’un groupe de travail dédié à la mise à jour du référentiel EDS sera créé en 2025. Des acteurs publics ou privés représentatifs de l’écosystème l’intégreront.
• Le Conseil de l’Union européenne a adopté le 21 janvier 2025 le règlement relatif à l’espace européen des données de santé (EEDS). Ce dernier définit plusieurs exigences en termes d’interopérabilité, de partage et de sécurité des données de santé, auxquelles devront se conformer les EDS. Ses premières dispositions entreront en application en 2028.

Pourquoi c’est important ?

Les EDS sont un réservoir de données complémentaire au SNDS car ils intègrent des données médicales de biologie, des données textuelles, des données sur le cycle du médicament, etc. Autre intérêt, ces données sont produites en routine, à partir des systèmes d’information hospitaliers et après une étape de pseudonymisation, recouvrant donc un grand nombre de patients. 

Les projets d’EDS portés par des groupements d’établissements, comme HOURAA ou HUGO, présentent un atout supplémentaire en termes de recherche en reflétant la diversité d’un territoire. La Conférence des Directeurs Généraux de CHRU souhaite aller plus loin en créant un réseau des EDS de CHU comme le révélait à mind Health Florence Favrel-Feuillade, DG du CHU de Brest et présidente de la Commission Recherche et Innovation de la Conférence. 

Questionné par mind Health sur les perspectives ouvertes avec le développement des EDS, le HDH a indiqué que “la réalisation d’EDS multicentriques est également intéressante pour permettre le développement de recherches “en vie réelle”, essentielles pour le suivi de l’utilisation, la veille sur les effets indésirables, la mesure de l’efficacité, pour les patients et pour le système de santé, des produits de santé. C’est notamment pour appuyer l’Agence européenne des médicaments sur ces missions que le HDH porte le projet EMC2, premier EDS multicentrique clinique apparié à la base principale du SNDS autorisé par la Cnil.”

Les EDS peuvent également être un outil pour obtenir des données concernant la médecine de ville. Le projet P4DP a été lancé dans cette optique, son porte-parole Olivier Saint-Lary, confiait en octobre à mind Health :  “Les sujets de recherche sont extrêmement nombreux, notamment sur le volet du dépistage et de la prévention.” La Cnil a également autorisé CONTACT, l’EDS de la fédération SOS Médecins France. Pour sa coordinatrice, le Dr Céline Falco, cet EDS “va permettre de recueillir des données qui n’existent nulle part ailleurs concernant les urgences de ville, les soins non programmés ainsi que les visites à domicile.” 

Analyses et perspectives pour 2025

La “Stratégie interministérielle pour construire notre patrimoine national des données de santé (2025-2028)” a pour objectif de développer les bases de données et l’usage secondaire des données de santé à l’échelle nationale. Sa version finale doit être dévoilée à la fin du mois de janvier 2025, des arbitrages sont attendus sur le sujet des EDS. 

Le financement des entrepôts demeure une question particulièrement sensible. En avril 2023, le groupe de travail “Financement des bases de données de santé publiques” du comité stratégique des données de santé considérait qu’une enveloppe globale annuelle de 60 à 90 millions d’euros serait nécessaire pour le développement d’un réseau de 30 EDS de taille critique. Il estimait en moyenne à 2 millions d’euros par an le coût de développement d’un EDS sur 5 ans, puis à 3 millions d’euros par an le maintien de l’entrepôt et la mise à disposition des données à des porteurs de projet. Si les AAP permettent de constituer les EDS, aucun financement n’est prévu pour les pérenniser. Le sujet préoccupe la Commission Data de la Conférence des Directeurs Généraux de CHRU comme le confiait Marc Cuggia, l’un de ses membres, à mind Health en novembre dernier. La Commission a soumis une dizaine de propositions, lors de la phase de consultation publique de la Stratégie interministérielle, pour soutenir l’écosystème des EDS.

Outre le financement, les questions d’interopérabilité et de formation des professionnels sont essentielles. “L’État doit imposer des standards aux industriels qui développent les logiciels métier afin de faciliter l’alimentation des entrepôts de données de santé en récupérant les données en aval”, souligne Marc Cuggia, un des pilotes de la plateforme Ouest Data Hub et professeur d’informatique médicale (PUPH) à l’Université Rennes 1. L’essor des EDS a également un impact sur le recrutement des ingénieurs ou data scientist formés au domaine, pour Marc Cuggia “il faut donc créer des filières de formation hospitalo-universitaire”. Avant de citer comme source d’inspiration, le programme Medical Informatics Initiative mis en place par le gouvernement allemand.